这个要分几种情况：

　　1.如果单片机是可以在线编程的 可以在做好电路板后再把程序烧录进单片机。

　　这里又可以根据你的单片机的规模以及需要引导代码来决定，比如c8051f 等比较新的，如果厂家已经做好引导代码，那你就等生产好PCB后再烧你的软件进去，这个一方面是保护你知识产权，另一方面也是随时更换你的原代码

　　2.如果你的单片机没有在线编程的功能，那你肯定是要焊上板前把程序烧录好进去。但是一般贴片的MCU都是比较先进的。应该都有在线编程的功能，另一方面你也不再想修改软件了，定死了就不变了。这样的话就先烧录软件再生产PCB 再贴片 这样也可以在生产过程中把某条想不连接做个硬加密了